Het instituut heeft twee kerntaken. Ten eerste de taak om maatschappelijk debat en politieke oordeelsvorming stimuleren. Technologische en wetenschappelijke ontwikkelingen roepen soms meer vragen op dan ze beantwoorden. Het Rathenau Instituut maakt zichtbaar welke betekenis deze ontwikkelingen hebben voor mens en maatschappij. Wat zijn de mogelijkheden, maar ook de risico’s? In jargon heet dit Technology Assessment (TA).
Ten tweede om het Nederlandse wetenschapssysteem in kaart brengen. Het Rathenau Instituut onderzoekt de dynamiek van de wetenschappelijke en technologische ontwikkeling zelf: hoe is het wetenschapssysteem georganiseerd, hoe reageert het op wetenschappelijke, maatschappelijke en economische ontwikkelingen en tot welke inhoudelijke wetenschappelijke ontwikkelingen leidt dit? Deze taak heet Science System Assessment (SciSA).
