Hamilton was een autoriteit op het gebied van moderne kunst en trainde veel beroemde kunsthistorici en curatoren.
Hij schreef een aantal toonaangevende boeken over moderne kunst, waaronder Manet and His Critics and Painting and Sculpture in Europe 1880-1940, wat nog steeds veel wordt gelezen door studenten. Hij was één van de eerste die ook het belang van moderne kunstenaars zoals Marcel Duchamp inzag. Hij behield met hem dan ook een jarenlange vriendschap.
Als directeur van het Sterling en Francine Clark Art Institute had hij grote invloed op de wereld van de kunsthistorici en museumcuratoren.